在朴素小镇里土生土长的少女三叶，因周围的环境和家传神社加诸的职责等因素心生不满，憧憬着有一天能离开小镇到大都市里生活。某天，她在睡梦中与生活在东京的少年泷交换了灵魂，原本素不相识的少年与少女，在时空奇迹 你的名字。